电影《刑法第三十九条》探讨了心神丧失与心神耗弱在法律面前的复杂问题。畑田修夫妇的惨遭杀害引发了一场充满悬念和疑点的案件。嫌疑犯柴田正树（由堤真一饰演）承认了杀人的事实，然而却否认了杀人的动机。这一反常的举动引起了法庭的高度关注，而后的司法鉴定结果更是引发了广泛争议

根据日本刑法第三十九条，心神丧失的人在法律上不受处罚，而心神耗弱的人则可以减轻刑罚。柴田的案件让人不得不思考心理健康与犯罪之间的关系。经过司法鉴定，柴田被诊断患有精神分裂症，这一诊断使他根据法律免除了法律责任。但这是否真的是案件的全部真相呢？

在这一背景下，担当鉴定助手的小川香深（由铃木京香饰演）成为了故事的关键人物。小川认为案件存在疑点，她坚信事情没有这么简单。通过进一步的调查，小川发现了一个令人震惊的事实：被害人畑田修在15岁时曾经杀害一名女童，而后因未成年保护条例以及刑法第三十九条的规定而躲过了法律的制裁。这个发现让案件变得更加扑朔迷离。