电影《天空之蜂》带领观众进入了一场紧急而危险的任务中。故事发生在福井县的核电站，一架直升飞机被恐怖份子远程操控，满载着炸药，直奔核电站而去。恐怖份子更是向日本政府寄去了威胁信，宣称如果不停止核电厂的运营和建设，直升机将在10小时后耗尽燃料，坠毁核电站，引发核灾难。

这个可怕的威胁使政府陷入了严重的危机，他们必须寻找方法拯救核电站，阻止直升机的坠毁。更为棘手的是，在直升机上还有一名年仅9岁的男童，他需要被安全地救出。

为了解决这一紧急情况，直升机设计师汤原一彰和原子能机器设计师三岛幸一将联手展开行动。他们的任务是找到恐怖份子、远程操控设备，并阻止直升机的坠毁，以挽救核电站和男童的生命。