纽约大战后，超级英雄和外星人已经不再是谜。整个世界陷入了一个新的现实，一个需要适应、理解和掌握的现实。在这个时刻，神盾局特工成为了人们关注的焦点，因为他们承担着捍卫世界的责任。然而，九头蛇组织的渗透让神盾局陷入了混乱和恐慌之中。
菲尔·科尔森，由克拉克·格雷格出演，站在了组织的前线。在尼克·弗瑞的允许下，他开始了艰难的工作，重建了神盾局，同时也要清理掉九头蛇组织的残余势力。这并非易事，因为建立信任桥梁与政府机构是至关重要的一步。
与此同时，科尔森领导的特工团队在世界各地穷追不舍地搜索着九头蛇组织的踪迹。然而，他的昔日伙伴沃德（布雷特·道顿饰）如今已经背叛了他们，成为了他们唯一的线索。科尔森内心充满了矛盾和挣扎，他开始感受到当初复活的“副作用”，这种不断涌上心头的情感让他的自我控制能力逐渐减弱。他孜孜不倦地寻找真相，甚至派遣队员去冒生命危险，这多次将神盾局推向更大的危机之中。
