京都舞鹤湾的晨雾中，一艘可疑船只的出现引发了全国的紧张。这艘船上残存的数据和零件让人们确认，其中的技术和设备是日本迄今为止未曾拥有的。这个消息激起了广泛的关注和担忧。 与此同时，柯南、小兰、小五郎以及少年侦探团成员们正在参加宙斯盾舰的体验航海，他们满怀好奇和期待地探索着这个充满能量的海上自卫队训练基地。然而，突如其来的神秘袭击打破了原本宁静的氛围，训练瞬间演变成了一场紧急情况。小兰和少年侦探团的成员们感到不安和害怕，但幸运的是，舰员们冷静应对，事态得以平息，尽管他们并不清楚敌人的真正目标。 就在这一混乱的时刻，他们在舰内发现了自卫队员的左臂，手腕上还带着一只停在上午5:30的手表。这一发现使得局势更加扑朔迷离，京都府警和大阪府警紧急介入，展开了全面的调查。在这个过程中，一位原本未曾登上宙斯盾舰的神秘女性自卫官，藤井七海，也出现在了调查现场，引发了更多的疑问。 柯南紧急利用犯人追踪眼镜和新侦探道具——卫星电话手表，与灰原、阿笠博士以及大阪的平次和和叶等人开始了合作调查。随着调查的深入，他们终于揭开了某国间谍X的身份，但这只是一个更大阴谋的一部分。他们不断接近真相，却也使得自己暴露在了间谍的利刃之下。
