自过去的五年以来，世界似乎已经恢复了和平，几乎没有任何亚马逊的踪迹。然而，一种被称为"Amazon化"的现象却在不断蔓延，普通人被亚马逊细胞感染，逐渐变成了可怕的亚马逊生物。为了对抗这一威胁，政府成立了一个秘密组织，名为4C，专门负责驱除亚马逊化的人类。

在这个组织中，有一个少年名叫千翼，他在幼年时期被亚马逊所养大。千翼获得了变身成假面骑士Amazon Neo的能力，并与亚马逊们展开了战斗。然而，在他面前出现了一位名叫优的少女，她变身成乌鸦亚马逊，是一个被作为生物兵器的Sigma型亚马逊。尽管千翼曾被自己的亚马逊本能所驱使，但在遇到优之后，他第一次没有产生"想吃"的欲望，反而被她吸引了起来。

优的身世非同寻常，她的真实身份是被亚马逊化的父亲杀死后复活的Sigma型亚马逊。她为了摆脱被亚马逊控制的命运，选择了与千翼并肩作战。他们开始合作，共同对抗邪恶的亚马逊们，并试图揭开背后隐藏的阴谋。

在这个充满挑战和危险的世界中，千翼和优将面临各种艰难的抉择和战斗。他们将不断成长，并逐渐揭示亚马逊背后更深层的秘密。这是一场正义与邪恶的较量，也是一个关于勇气、信念和牺牲的故事。